A AGROFLOR foi fundada no dia 31 de outubro de 1999 por 21 (vinte e um) associados, sendo 09 (nove) mulheres e 12 (doze) homens agricultores de diversas comunidades do município de Bom Jardim que acreditavam melhorar suas vidas a partir de uma nova orientação para suas práticas de produção: a agricultura agroflorestal com base na ciência da agroecologia. Entretanto, o alicerce para a sua criação foi construído desde 1995 quando algumas famílias agricultoras iniciaram as experiências agroflorestais com a assessoria do Centro de Desenvolvimento Agroecológico Sabiá (Centro Sabiá) em parceria com o Sindicato de Trabalhadores Rurais de Bom Jardim. Naquele ano foi criada a Comissão de Agricultura no Sindicato, foi realizada uma Campanha Contra as Queimadas e foi desenvolvido um DRP (Diagnóstico Rápido Participativo) sobre a situação das atividades agrícolas no município. Essas três iniciativas foram importantes para que as famílias e o Centro Sabiá construíssem a base na qual o trabalho é desenvolvido. Além do trabalho de acompanhamento aos agricultores no município de Bom Jardim, incentivando a produção agroecológica, a comercialização, a implementação de cisternas de consumo e de produção e a implantação de outras tecnologias sociais, a AGROFLOR desenvolve uma ação em parceria com a Agência de Cooperação Alemã Kindernothilfe (KNH), que desde 2005 envolve direta e indiretamente 600 (seiscentas) crianças e adolescente no município de Bom Jardim. Foi através desse projeto que a instituição conquistou sua sede própria, que comporta todas as ações nas linhas de fortalecimento da agricultura familiar, protagonismo infanto-juvenil e desenvolvimento institucional, pois são estas as linhas de ações desenvolvidas pela AGROFLOR nos dias atuais.